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纳米孔测序系列讲座丨中科院上海辰山植物科研中心杨俊副研究员解读纳米孔长读长测序在甘薯基因组的应用
2019-02-27
目前大多数基因组测序项目局限于产生单个的单倍体共有序列，单倍体共有序列是结合了来自每个染色体拷贝的数据。常用的短读长测序由于产生的序列读长短，难以在经济有效的同时进行同一染色体上有效的基因关联分析。纳米孔技术提供的长测序读长现在使得单倍型分析更为可行，甚至对于多倍体物种也是如此。长片段单倍型分析信息可以揭示对植物进化和驯化的新见解，并有可能推动未来作物产量的进步。 我国甘薯产量巨大，但是复杂的遗传背景一直以来是制约甘薯研究的瓶颈，甘薯起源问题悬而未决。甘薯基因组共有约4.4亿个碱基对，单组大小在700M到800M之间。虽然近年来高通量测序技术日新月异，但解析多倍体基因组仍然面临着巨大的障碍。 在最新一期的纳米孔测序系列讲座中，来自中国科学院上海辰山植物科学研究中心的杨俊副研究员将为我们带来《The longer, the better: the case in polyploid plant》最新课程。
讲 师 简 介
杨俊 副研究员 杨俊博士，副研究员，洪堡学者，曾接受德国洪堡基金会（Alexander von Humboldt Stiftung）邀请前往柏林马普分子遗传所从事独立研究，主攻多倍体基因组组装难题。正式加入上海辰山植物园后开始组建旋花科进化研究组。近年先后参加了科技部国际合作专项以及自然科学基金青年项目的研究工作，建立和优化了高效甘薯遗传转化体系用于研究块根形成机理，完成了六倍体甘薯基因组测序，建立了旋花科基因组研究全球协作网络和番薯属基因组数据库。目前在用纳米孔测序的MinION或GridION X5。 本期课程探基学院特邀杨俊博士为我们带来《The longer, the better: the case in polyploid plant》。杨俊博士将介绍其使用纳米孔测序的经验和取得的成果： 课程要点 介绍六倍体甘薯及其起源 六倍体基因组的单倍型分析和准确度评估 使用纳米孔测序的单倍型分析准确度评估 纳米孔长读长帮助建立更好的甘薯基因组 甘薯中的转基因组插入序列T-DNA 纳米孔测序技术在识别T-DNA复杂结构中的优势 直接测序RNA的展望
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注：Nanopore技术目前仅供研究使用。 讲座内容含未发表的研究数据，未经允许，请勿擅自使用。 精选留言 暂无... |
