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关于高通量测序仪PromethION，你想了解的都在这里文章发于2018年11月2日 导读 PromethION是一款超高通量、高样本量台式长读长测序仪。具备了实时、长读长、直接测序等特点，能够实时提供Tb级的测序数据。自投入使用以来，科研用户报告的数据通量在持续不断攀升，目前已有用户产生高达150Gb数据，内部数据目前最高可达200Gb。 “我会将这款测序技术与苹果公司开发Macintosh时相媲美，它的原理非常简单，无需其他技术所需的特别的样本制备过程”-法国国家测序中心 “我们的数据已经开始用于组装鳉鱼基因组，我个人其实都不知道鳉鱼是什么！”-加州大学戴维斯分校基因组中心 PromethION是Oxford Nanopore的最高通量测序装置，在设计不仅具备了实时、长读长、直接测序等特点，在产量上还可能与市场上最高通量的传统测序仪相匹敌。在经历了早期试用阶段后，于2018年5月正式开始商业化。从那时起，来自世界各地用户就一直在不断创造高产纳米孔测序的新记录。
先观看3分钟短片快速了解什么是纳米孔测序和PromethION测序仪： 01 读长长度=输入片段长度： 纳米孔处理样品中的整个DNA或RNA片段，用户可以通过所使用的文库制备实验方案来控制片段长度。例如，目前DNA片段长度最高记录为>2Mb。与环状测序方法相比，纳米孔读长长度是样品中得到的完整片段长度，而不是较小片段的多次重复通过的总和。Nanopore用户常规报告读长N50超过30kb。 **读长N50指的是一半数据包含在可对齐长度大于此值的读取中的值。使用典型（非靶向）样品制备方法，纳米孔读数将均匀地分散在基因组中以均匀覆盖。 02 6分钟了解全球科学家的PromethION使用体验： “PromethION能为我们科研用户提供很长的片段信息，实时测序能够帮助用户实时得到分析结果，它的通量比较高，性价比会好，周期也会短”--北京百迈客 “我们使用PromethION长读长来构建中国人自己的参考基因组，我们想要做10万个人的结构变异的数据库”-希望组 03 PromethION测序仪特点和不断攀升中的用户数据通量： PromethION是一款超高通量、高样本量台式长读长测序仪。在纳米孔测序中，纳米孔信号由设备中的ASIC捕获，其反映的是DNA或RNA片段序列的特征，然后经过算法将信号转换为碱基识别的序列数据。 PromethION使用不同的ASIC，每个PromethION测序芯片可同时运行多达3000个纳米孔通道，约为MinION或GridION测序芯片的测序容量的六倍。 它具有多达48个测序芯片，每张芯片可根据需要单独或者同时运行。凭借目前的产量，PromethION能够实时提供Tb级的测序数据。
现在，随着PromethION在中国、英美、欧洲、亚洲其它国家和澳大利亚的应用，数据通量结果在持续不断攀升中。 今年6月，奥尔堡大学Albertsen实验室的一台PromethION测序芯片首次实现了100 Gb以上的成果。 创新作物专家Keygene获得了106Gb的序列数据，N50>30kb。 武汉未来组最近昆虫样本测序获得超过118Gb数据，11个细菌样本共获得97Gb，N50>24kb。 荷兰乌得勒支大学医学中心的记录突破，达到128Gb。 伯明翰大学的第一台PromethION测序芯片展示了超过130Gb的数据。 英国诺丁汉大学的Matthew Loose获得150Gb，读长N50>37kb. 今年10月，在Oxford Nanopore内部使用时，一张芯片48小时可以产生高达200Gb的数据。 另外，该设备无需投入设备资金，因此可以实现低成本、长读长的人类基因组测序，使成本降至不到1000美元。 图片内容来自PromethION产品手册 在即将于11月28日在美国旧金山举办的纳米孔用户大会中，首席技术官Clive Brown，将延续他在十月ASHG大会的演讲“Nanopore 准确度; 超越对手...”。登陆www.nanoporetech.com/ncm18报名参会。 我们接下来将为大家发布更多技术和产品更新信息，关注并加星我们的微信公众号，实时了解最新动态。 诺禾致源与Oxford Nanopore达成战略合作，全面推动三代测序的应用与发展 【南方科技大学】MinION测序仪祁连山高海拔冻土微生物群系野外调研 |